环境科学与工程系承担着环境科学科学与工程专业人才培养、学科建设、科学研究及社会服务等核心任务。环境科学与工程专业前身为资源环境科学专业，是我校较早开办的非师范专业之一。2004年开始本科招生，2015年更名为环境科学与工程专业，2016年被绵阳师范学院批准为首批应用型人才培养示范专业，2019年获批四川省第二批地方普通本科高校应用型示范专业，2019年四川省教育厅批准成为第二批地方普通本科高校应用型示范专业，2023年入选四川省高等学校“双一流”建设贡嘎计划建设学科。

环境科学与工程系现有教师13人，其中四川省学术和技术带头人1人，专任教师10人，教授3人，副教授6人，硕士生导师4人。教师博士学位占比78%，具有工程实践能力的双师型教师占比85%。环境科学与工程系现已建成"基础实验-虚拟仿真-工程应用"三位一体的实践教学体系，涵盖5个特色实验室及10余个产教融合实践基地。主要有环境监测与分析实验室、乡村环境保护与绿色低碳发展四川省高校工程研究中心、乡村污水处理与水环境修复技术研究中心、降雨侵蚀虚拟仿真实验平台、污水处理厂核心构筑物3D虚拟仿真平台。同时，与中国科学院盐亭农业生态试验站等共建的12个实践基地，年均开展生产实习1000+学时，师生可通过预约制度全天候使用实验资源，近三年支撑学生完成国家级、省部级创新项目10余项结题。